保険診療を行った医療機関に健康保険が支払う医療費（診療報酬）は、厚生労働大臣が決める「診療報酬点数表」により計算されます。診療報酬点数表は、初診料何点、○○検査何点、○○手術何点、入院１日何点というように、すべての医療行為が点数（１点単価10円）で表されており、医科診療報酬点数表と歯科診療報酬点数表の別があります。処方箋による保険薬局の調剤料は、調剤報酬点数表により計算されます。

また、使用した薬の価格は厚生労働大臣が決める「薬価基準」で、ディスポーザブル注射器など特に定める治療材料（特定保険医療材料）は厚生労働大臣が決める「材料価格基準」で計算されます。

なお、入院時食事療養費・入院時生活療養費については「食事療養及び生活療養の費用額算定表」が、訪問看護療養費については「指定訪問看護の費用額算定表」が厚生労働大臣によって決められています。